Ambas as formas existem: implantação e implementação.

Atentemos ao significado de cada uma:

implantação
nome feminino
De implantar + suf. -ção
1. fixação e desenvolvimento de alguma coisa, de modo duradouro
2. ligação natural ou artificial entre duas partes heterogéneas
3. Medicina inserção de medicamento sob a pele
4. Medicina fixação de um ovo fecundado na mucosa do útero.; nidação
5. Arquitetura distribuição dos edifícios a serem construídos na área a urbanizar

implementação
De implementar + suf. -ção
nome feminino
1. ação de levar à prática um plano, um programa; entrada em vigor de um acordo, contrato... A implementação da reforma fez-se ao longo de vários anos.
2. Informática realização de um sistema de operação ou de um sistema de exploração; concretização de programas informáticos

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